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 真菌是不含葉綠素的單細胞呈絲狀的簡單植物，它不分化出根、莖和葉，是不能進行光合作用的真核生物。

 真菌不含葉綠素，不進行光合作用，大部分菌體都是寄生在動植物的遺骸上，菌絲則以此為營養而生長。菌絲有數μm大小，大都無色，少數呈暗色。在污染了的冷卻水中常形成軟泥，引起管道堵塞。有些真菌能利用木材的纖維素作為碳源，將其轉變為葡萄糖和纖維二糖，從而破壞冷卻塔中的木結構。它還可能參與氨化、硝化和反硝化作用，引起電化學和化學腐蝕。真菌的監控指標每毫升不得超過10個。

 真菌最宜生長的溫度為25~30℃，pH為6左右。然而在冷卻塔中發現的許多菌種卻能在34℃或甚至更高的溫度下良好生長。它們常以生成孢子進行繁殖。

真菌類型：

 絲狀霉菌
 酵母菌
 擔子菌屬

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